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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Leite. |
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Data corrente: |
26/12/2018 |
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Data da última atualização: |
24/01/2023 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
ALMEIDA, A. L.; SCHETTINO, V. J.; BARBOSA, T. J. R.; FREITAS, P. F.; GUIMARÃES, P. G. S.; ARBEX, W. A. |
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Afiliação: |
WAGNER ANTONIO ARBEX, CNPGL. |
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Título: |
Relative scalability of NoSQL databases for genotype data manipulation. |
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Ano de publicação: |
2018 |
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Fonte/Imprenta: |
Revista de Informática Teórica e Aplicada, v. 25, n. 2, p. 93-100, 2018. |
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DOI: |
10.22456/2175-2745.79334 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Abstract Genotype data manipulation is one of the greatest challenges in bioinformatics and genomics mainly because of high dimensionality and unbalancing characteristics. These peculiarities explains why Relational Database Management Systems (RDBMSs), the "de facto" standard storage solution, have not been presented as the best tools for this kind of data. However, Big Data has been pushing the development of modern database systems that might be able to overcome RDBMSs deficiencies. In this context, we extended our previous works on the evaluation of relative performance among NoSQLs engines from different families, adapting the schema design in order to achieve better performance based on its conclusions, thus being able to store more SNP markers for each individual. Using Yahoo! Cloud Serving Benchmark (YCSB) benchmark framework, we assessed each database system over hypothetical SNP sequences. Results indicate that although Tarantool has the best overall throughput, MongoDB is less impacted by the increase of SNP markers per individual. |
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Palavras-Chave: |
Data Science; Database; NoSQL; SNP. |
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Thesaurus Nal: |
Bioinformatics; Genotype. |
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Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/189325/1/Artigo-RevInfTeorApl-Arbex-Relative.pdf
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Marc: |
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520 $aAbstract Genotype data manipulation is one of the greatest challenges in bioinformatics and genomics mainly because of high dimensionality and unbalancing characteristics. These peculiarities explains why Relational Database Management Systems (RDBMSs), the "de facto" standard storage solution, have not been presented as the best tools for this kind of data. However, Big Data has been pushing the development of modern database systems that might be able to overcome RDBMSs deficiencies. In this context, we extended our previous works on the evaluation of relative performance among NoSQLs engines from different families, adapting the schema design in order to achieve better performance based on its conclusions, thus being able to store more SNP markers for each individual. Using Yahoo! Cloud Serving Benchmark (YCSB) benchmark framework, we assessed each database system over hypothetical SNP sequences. Results indicate that although Tarantool has the best overall throughput, MongoDB is less impacted by the increase of SNP markers per individual.
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Registro original: |
Embrapa Gado de Leite (CNPGL) |
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Biblioteca |
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Tipo/Formato |
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Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
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 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Cerrados. Para informações adicionais entre em contato com cpac.biblioteca@embrapa.br. |
Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Cerrados. |
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Data corrente: |
09/02/2011 |
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Data da última atualização: |
17/08/2012 |
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Tipo da produção científica: |
Orientação de Tese de Pós-Graduação |
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Autoria: |
ANDRADE, E. P. de. |
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Afiliação: |
EDINALVA PATRÍCIA DE ANDRADE. |
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Título: |
Caracterização molecular de espécies de Pratylenchus que ocorrem no Brasil e a reação de acessos de milho a P. zeae e P. brachyurus. |
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Ano de publicação: |
2010 |
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Fonte/Imprenta: |
2010. |
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Páginas: |
68 f. |
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Idioma: |
Português |
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Notas: |
Tese (Doutorado em Fitopatologia) - Universidade de Brasília, Brasília, DF, 2010.
Co-orientadora: Maria Cristina R. Cordeiro. |
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Conteúdo: |
A cultura do milho é de grande importância econômica para o Brasil, principalmente por ser usada em rotação de cultura com a cultura da soja. Estudos têm sido feitos no sentido de buscar genótipos resistentes a várias doenças. O milho é suscetível a várias doenças, principalmente aquelas causadas por fungos. Entre os patógenos de solo estão os nematóides. As espécies mais danosas à cultura do milho são aquelas pertencentes ao gênero Pratylenchus. No Brasil, P. brachyurus e P. zeae, são os nematóides mais importantes à cultura do milho, aumentando em até duas vezes os custos de produção. Apesar de sua relevante importância, nematóides do gênero Meloidogyne spp. São os mais estudados. Portanto, há a necessidade de mais estudos sobre as espécies Pratylenchus zeae e P. brachyurus, as mais comumentes associadas à cultura do milho. A caracterização destas espécies tem sido feita através da morfologia, sendo essa em alguns casos difícil e laboriosa. Por isto, a região ITS (Internal Transcribed Sequence) (ITS) do Ribosomal Desoxiribonucleic Acid (rDNA) tem sido bastante utilizada para a caracterização molecular ou para estudos filogenéticos e evolucionários de nematóides. Neste trabalho, foram caracterizadas por meio da Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Polymorphism (PCR-RFP) populações de P. zeae, P. coffeae, P. jaehni, P. penetrans e P. brachyurus, oriundas de diferentes regiões geográficas do país. As análises foram conduzidas usando as enzimas de restrição DdeI, HindIII, HpaII e PstI. Os produtos amplificados por PCR revelaram fragmentos de DNA de 750 a 1200 pb. A técnica RFP mostrou a existência de variações interespecíficas, mas não revelaram variações intraespecíficas entre as populações estudadas de cada espécie. Outro objetivo deste estudo foi avaliar a reprodução dessas duas espécies de nematóides P. brachyurus e P. zeae e avaliar a reprodução dessas duas espécies de nematóides, sob condições de telado. As plantas foram inoculadas individualmente com aproximadamente 800 nematóides. Sessenta e dois dias após a inoculação determinou-se a capacidade reprodutiva dos nematóides, estimando-se o fator de reprodução (FR=Pf/PI, sendo a Pf a população final e Pi a população inicial de nematóides). O FR mostrou que, das plantas inoculadas com P. zeae, oas acesso 531162, 262841-1-4-1, 521550 e BRS3025 foram suscetíveis. Quanto à reprodução dos nematóides, demonstrada pelo FR, notou-se que a multiplicação de P. zeae foi significativamente superior à apresentada por P. brachyurus. O uso de espécies cultivadas resistentes aos nematóides das lesões radiculares em sistemas de rotação de culturas previne danos aos futuros em espécies mais suscetíveis. Portanto, os híbridos de milho avaliados apresentam grande potencial para semeadura em áreas infestadas por P. brachyurus e P. zeae, pois permitem taxas restritas de multiplicação do nematóide. Os resultados mostraram que a maioria das linhagens avaliadas são materiais promissores a serem usados em programas de melhoramento, visando a obtenção de híbridos resistentes. Porém, mais estudos devem ser realizados para corroborar os resultados obtidos neste trabalho. MenosA cultura do milho é de grande importância econômica para o Brasil, principalmente por ser usada em rotação de cultura com a cultura da soja. Estudos têm sido feitos no sentido de buscar genótipos resistentes a várias doenças. O milho é suscetível a várias doenças, principalmente aquelas causadas por fungos. Entre os patógenos de solo estão os nematóides. As espécies mais danosas à cultura do milho são aquelas pertencentes ao gênero Pratylenchus. No Brasil, P. brachyurus e P. zeae, são os nematóides mais importantes à cultura do milho, aumentando em até duas vezes os custos de produção. Apesar de sua relevante importância, nematóides do gênero Meloidogyne spp. São os mais estudados. Portanto, há a necessidade de mais estudos sobre as espécies Pratylenchus zeae e P. brachyurus, as mais comumentes associadas à cultura do milho. A caracterização destas espécies tem sido feita através da morfologia, sendo essa em alguns casos difícil e laboriosa. Por isto, a região ITS (Internal Transcribed Sequence) (ITS) do Ribosomal Desoxiribonucleic Acid (rDNA) tem sido bastante utilizada para a caracterização molecular ou para estudos filogenéticos e evolucionários de nematóides. Neste trabalho, foram caracterizadas por meio da Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Polymorphism (PCR-RFP) populações de P. zeae, P. coffeae, P. jaehni, P. penetrans e P. brachyurus, oriundas de diferentes regiões geográficas do país. As análises foram conduzidas usando as enzimas de restrição DdeI, H... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Fungos; Nematóides. |
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Thesagro: |
Milho. |
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Categoria do assunto: |
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Marc: |
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520 $aA cultura do milho é de grande importância econômica para o Brasil, principalmente por ser usada em rotação de cultura com a cultura da soja. Estudos têm sido feitos no sentido de buscar genótipos resistentes a várias doenças. O milho é suscetível a várias doenças, principalmente aquelas causadas por fungos. Entre os patógenos de solo estão os nematóides. As espécies mais danosas à cultura do milho são aquelas pertencentes ao gênero Pratylenchus. No Brasil, P. brachyurus e P. zeae, são os nematóides mais importantes à cultura do milho, aumentando em até duas vezes os custos de produção. Apesar de sua relevante importância, nematóides do gênero Meloidogyne spp. São os mais estudados. Portanto, há a necessidade de mais estudos sobre as espécies Pratylenchus zeae e P. brachyurus, as mais comumentes associadas à cultura do milho. A caracterização destas espécies tem sido feita através da morfologia, sendo essa em alguns casos difícil e laboriosa. Por isto, a região ITS (Internal Transcribed Sequence) (ITS) do Ribosomal Desoxiribonucleic Acid (rDNA) tem sido bastante utilizada para a caracterização molecular ou para estudos filogenéticos e evolucionários de nematóides. Neste trabalho, foram caracterizadas por meio da Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Polymorphism (PCR-RFP) populações de P. zeae, P. coffeae, P. jaehni, P. penetrans e P. brachyurus, oriundas de diferentes regiões geográficas do país. As análises foram conduzidas usando as enzimas de restrição DdeI, HindIII, HpaII e PstI. Os produtos amplificados por PCR revelaram fragmentos de DNA de 750 a 1200 pb. A técnica RFP mostrou a existência de variações interespecíficas, mas não revelaram variações intraespecíficas entre as populações estudadas de cada espécie. Outro objetivo deste estudo foi avaliar a reprodução dessas duas espécies de nematóides P. brachyurus e P. zeae e avaliar a reprodução dessas duas espécies de nematóides, sob condições de telado. As plantas foram inoculadas individualmente com aproximadamente 800 nematóides. Sessenta e dois dias após a inoculação determinou-se a capacidade reprodutiva dos nematóides, estimando-se o fator de reprodução (FR=Pf/PI, sendo a Pf a população final e Pi a população inicial de nematóides). O FR mostrou que, das plantas inoculadas com P. zeae, oas acesso 531162, 262841-1-4-1, 521550 e BRS3025 foram suscetíveis. Quanto à reprodução dos nematóides, demonstrada pelo FR, notou-se que a multiplicação de P. zeae foi significativamente superior à apresentada por P. brachyurus. O uso de espécies cultivadas resistentes aos nematóides das lesões radiculares em sistemas de rotação de culturas previne danos aos futuros em espécies mais suscetíveis. Portanto, os híbridos de milho avaliados apresentam grande potencial para semeadura em áreas infestadas por P. brachyurus e P. zeae, pois permitem taxas restritas de multiplicação do nematóide. Os resultados mostraram que a maioria das linhagens avaliadas são materiais promissores a serem usados em programas de melhoramento, visando a obtenção de híbridos resistentes. Porém, mais estudos devem ser realizados para corroborar os resultados obtidos neste trabalho.
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653 $aFungos
653 $aNematóides
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